首都不在南京的原因是因为中国历史上的一系列政治、经济、文化等综合因素导致了首都的迁移与变迁。
从历史上看，南京是中国古代民族中心的发源地，700多年前，元朝汉化政策的实施，南京成为中国的首都，并在此建立了长达三百余年的明清政权，奠定了南京在中国历史上的重要地位。然而，此后的战争与政治运动不断，南京历史上多次成为国家政治的重心与中心，但最终，在都市规划与政治权力变迁等一系列因素的影响下，北京成为了现代中国的首都。
其中一个重要原因是清朝皇帝为加强中央集权的措施，于1644年将首都由南京迁至北京，即“北京定都”。而到了1911年的辛亥革命后，南京曾一度成为过政治中心之一，但是，受战争的影响，国务院也在北京迁往重庆，成立了国民政府，之后，抗日战争的爆发也使得南京地位一度降低。
此外，北京地理位置优越是成为首都的重要原因之一，北京处于地势较高、地理中心、交通便利的位置，有利于集中国家政治、经济、文化等资源，方便国家治理、交通运输等。
除此之外，北京作为中国的首都，拥有一套完整的政治、经济、文化、社会等基础设施，如中央政府机构、文化教育机构、交通运输枢纽、金融中心等，这些设施的优势也使得北京成为了现代中国不可替代的首都城市。
综合来说，首都不在南京的原因是多方面的综合因素所致，其中历史、地理等因素都是影响首都选择的重要原因，而北京作为中国现代综合实力较强的城市，也更适合成为现代中国的首都。
