你的公式是从别的地方贴过来的，或是mathtype版本不统一，格式发生了转换吧。如果你的公式还是可以被mathtype编辑，没有变成之类其他格式，那么你选中公式点击右键，在“EQUATION对象”中把公式转换为你计算机里mathtype的版本，这样应该不会出现偏下了。
如果公式已经不能被mathtype编辑了，那恐怕就困难了！
step1.先安装mathtype公式编辑器；
step2.确认word菜单栏中有"MathType"标签；如果没有，则“文件”->“选项”->“加载项”->“Word加载项”转到，将mathtype的插件勾上后确定
step3. 设置公式编号方式：
（1）对于小论文，通常是采用(1),(2),(3)……这类编号方式。步骤为：
1）单击Insert Number边上的倒三角，选择Format
2）编号格式第1个是章，第2个是节，第3个是公式序号，第4个是用什么把公式编号括起来，可以选择括小括号、中括号、大括号、书名号，对于小论文编号方式，取消掉第1，2个选项的勾后单击OK：
3）开始对公式编号了，例如对如下文档的公式进行编号和引用
先在公式1，2，3后面均添加一个tab键
然后将光标定位到第1个公式的行末，单击mathtype菜单中的Insert Number，按相同的操作对所有公式插入编号：
编号完成后就可以引用公式了，将光标定位在要引用的位置，单击mathtype菜单中的Insert Reference（在Insert Number的下面），文档中会出现多出倾斜的“equationreference goes here”字样
接着双击要引用的公式编号即可，引用其它公式按相同操作。
对于小论文，通常是双栏、公式右对齐的格式，因此需要先对文档分栏，分成两栏后可以看到文档上方的标尺，没有的话“视图”->勾选“标尺”
可以看到，我的文档是第1栏宽度是从1到18，由于公式编号大概要占两个字符，这样就可以确定第一栏的居中位置是在8，右对齐位置是在16。将光标定位在公式1的行末，调出段落设置对话框，单击对话框左下角的“制表位...”，在“制表位位置”框里输入8，在下面选择“居中”后单击“设置”，继续在制表位位置”框里输入16，在下面选择“右对齐”后单击“设置”，确定。
最后把光标定位到刚才的公式行首，按tab键，完成该公式的居中和右对齐。用格式刷把该行的格式刷于其它公式，再在其它每行公式的首行添加一全tab键，这样就完成了所有公式的居中和右对齐。
（2）对于大论文，通常是采用(1.1),(1.2),……(2.1),(2.2),……或者(1.1.1),(1.1.2),……这类编号方式，例如想对下面的文档进行编号
1）设置公式编号格式，即第1，2，3项都勾选上后单击OK
2）在第一节随便哪个位置，我选了1.1标题的位置，单击mathtype菜单中的“Chapter & Sections”（在Insert Number下面）的倒三角，选择“Insert Break...”，按下图设置
3）将光标定位在1.2标题，单击mathtype菜单中的“Chapter & Sections”的倒三角，选择第1个Insert Next Section Break，同样在1.3标题中插入一个Insert Next Section Break
4）在第一章中每个公式的行末增加tab键后单击Insert Number，这样就完成了对第一章的公式编号
5）在第二章的2.1标题插入Next chapter Number
6）在标题2.2，2.3插入一个Insert Next Section Break
7）每个公式的行末增加tab键后单击Insert Number，这样就完成了对第二章的公式编号
step4.选中红色标记的公式格式标记，设置字体为隐藏。接着对其它章节按照第二章的设置方法进行编号，这样就完成了对全文的公式编号，公式的引用方法与小论文引用的方法相同。
公式编号和章节编号在公式的编辑中可以算的上比较重要的一部，编辑好了可以让你的公式看起来更加的井井有条。那在MathType中是如何实现这步的呢？
在
MathType中公式编号共有五部分内容：章编号（Chapter Number）、节编号（Section
Number）、公式编号（Equation
Number）、括号（Enclosure）以及分隔符（Separator）。这五部分可以实现大家的自由组合！
公式编号的设置方法：
1.单击word文档中的MathType加载项，点击第三列中插入编号的倒置三角，选择“格式化”。
2.在打开公式编号格式对话框可以看到Number Format（公式格式）框架下支持两种编辑模式：Simple Format（简单格式）和Advanced Format（高级格式）。
简单格式：通过勾选每一部分前面的复选框可以设置是否显示该部分，通过单击后面的下拉三角可以选择数字样式。
高级格式：“#C1”代表章编号，“#S1”代表节编号，“#E1”代表公式编号。例如输入“*{#C1－ #S1.#E1}*”，则代表第1章第1节第1个公式，显示为“*{1-1.1}*”。如果要在高级格式中修改数字样式，则需要先在简单格式中修改之后方可编辑。
通常，论文中公式编号的格式为“(#C1.#E1)”或“(#E1)”。 对于第一种，则需每增加一章就插入一个章编号。
插入章编号的方法比较简单：
1.将光标定位到此公式之前的本章的任意位置，但是最好定位到本章标题之后，这样MathType容易辨认。
2.点击MathType加载项，点击章&节->插入下一章。
同时还可以选择“修改分隔符”进行修改章节号。
以上就是MathType中关于公式的章节和公式编号修改以及添加的具体问题
MathType是一款功能强大的数学公式编辑器，与常见的文字处理软件和演示程序配合使用，能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。它的另一优势就是可以插入带编号公式，建立编号与公式的关联，并能自动更新编号，避免了人工改编号的麻烦和错误。
一、安装及界面（以6.5中文版为例）
安装完MathType之后，在word软件中，会生成一个工具栏（如下），在word菜单栏也会有个MathType的菜单项，列出了MathType的一般功能。
Mathtype编辑器的界面如下：
只要通过工具栏就可以很方便的进行公式编辑，如希腊字母、上标下标、积分号、求和、分数、矩阵等。相信大家浏览一下工具栏的选项就能明白它们的用法，这里不做赘述。这里要讲的是一些细节性的东西。在此要记住一句话，凡是你在书上见过的公式格式，mathtype都能做出来。
二、在word软件中使用MathType。
在word中，MathType工具栏各按钮的功能如下图：
1．插入公式说明
前四项都是在word中插入公式，点任何一项都会打开MathType编辑器。
1）“Insert Inline Equation”用于在正文段落中插入小公式或变量符号等；
2）“Insert Display Equation”用于插入无编号公式，第三、四项顾名思义就是插入带左、右编号的公式，这三项都是用于插入单独占一行的公式，如下图：
2．首次参数配置
在写论文时，用到较多的是第一、四项。首次使用带右编号的公式“Insert Display Equation, Number on Right”时，会弹出一个提示框，如下图：
的是输入公式的章、节号，一般学位论文中公式用“章号（chapter）+公式序号”格式，如（1.1），不写节号（section），如（1.1.1）。Mathtype默认公式编号为“节号+公式序号”，通过菜单栏“MathType---Format Equation Numbers…”打开下图窗口，可以更改公式编号的数字格式、括号形式、分隔符等。（下图选项是章号+公式序号，小括号，圆点隔开）。
3．Word中的使用
当开始新的一章时，将光标置于该章开头，选择 “Insert Chapter/Section Break”插入章节隔断，则新章节重新编号。选择“New Chapter-Chapter number”，在后面的方框中填该章的号码。即使将来修改章节号，只要删除原来的章节隔断（或在旧章节隔断后直接创建一个新的隔断），创建新的，再更新一下公式序号即可。建议不要采用“Next chapter number”，搞不清它到底以什么规律更新的，使用子文档处理时总出乱子。因不输出节号，所以不用管section项的值。
这里要注意，office2003在章节隔断处没有任何标记，有的word版本中会在插入点出现用大括号括住的几个红字（如：上面第一段开始位置显式的文字），表示从这里开始，公式新起一章编号。这行红字不是域底纹，消除不了，而且占用字符位置。
但是，我Word2003里面，打印预览时并不显式这些红色的文字，所以不用担心。另外，你也可以采用简单的处理方法：将章节隔断插入点置于该章第一个带序号的公式之前的任何段落或标题的末尾，然后选中该章节隔断，“格式－字体－隐藏文字”，这样打印时该项不输出。不管怎样，最后还是由你做主了，呵呵。
4．正文中引用公式编号：
将鼠标置于引用公式编号的地方，单击工具栏 “Insert Equation Reference”，此时在插入点会出现“equation reference goes here”，不要理它，双击要插入的公式的编号，就OK了。
5. 当在已有公式之前插入新公式
此时MathType可以自动修改公式序号，包括正文中引用的公式编号，如果编号没有更新，点工具栏“Update Equation Numbers”。这就省去了手动修改的麻烦，不易出错。
三、MathType界面小技巧
1. PPT中设置公式的前景和背景色
做PPT时，从word中复制的公式字体是黑色的，在深背景的PPT中看不清楚，一种方法是给公式填充背景颜色（右键－设置格式－填充），另一种方法是双击公式，打开MathType,选择“Format-color”调整公式字体的颜色。Format中还有其它功能，这里不详述了，需要的朋友自己试验一下。
2.字体设置
我们知道，论文中的变量一般用斜体，函数符号和矩阵代号用粗体等特殊格式，MathType默认输入的字符均为变量（即斜体），此外，它能自动识别 ， ， ， 等常用函数，采用非斜体加粗形式。当需要修改格式，使用style菜单。如：当 不做函数，只表示最大值，只当变量用时，输入max并选中，“style-Variable”；当某大写字母 代表矩阵或向量时，选中该字母，“style-Vector/Matrix”；如果对字体有要求，“style-other”。
四、一些注意事项：
1. 公式中的乘号应该选择最小的点。
2. 表示变量化的符号delta。
3. 当输入公式中带括号部分时，先从工具栏选择括号，然后在括号内填写内容；或先输入括号中的内容并选中，再从工具栏选择括号。不要手工从键盘输入任何括号。因为在有的版本中，从键盘输入的括号不能随公式的高度变化，当括号内采用分数等形式时会非常难看。
1.在每一章节的正文最前面插入MathType分节符：主菜单上选择mathtype菜单——>插入段/分节 符——>新段，并输入这一章节的段号，譬如第4章，即输入4； 2.然后修改Mathtype方程号码的格式：主菜单上选择mathtype菜单——>格式化方程号码——>简单格式——>选中“章号码”、“方程号码”、“分隔符()”、“分隔符 ”，默认的分隔符为'.'，但更常用的是单划线'-'，修改之即可； 3.然后利用MathType输入方程，退出MathType，在Word内的方程后面插入方程号：主菜单上选择mathtype菜单——>插入方程号码（N），就会在方程的后面出现该方程的编号； 4.方程编号的引用，要在文中引用该公式的编号，那么将插入符号移至待插入点，然后：主菜单上选择mathtype菜单——>插入方程参考（R）——>鼠标双击3步中插入的要引用的公式的方程编号。
在公式编号的格式中有时会需要很多特殊的格式，可能这些格式并不在默认设置中，这时就需要进行自定义设置了。
具体操作过程如下：
1.在Word菜单中点击MathTy选项卡。如果在Word中没有此菜单，则需要加载一下。
在Word中点击MathType选项
2.在MathType菜单中点击“公式编号格式”（Format Equation Number）。
在MathType菜单中点击“公式编号格式”（Format Equation Number）
3.在弹出的对话框中，选择“高级格式”（Advanced
Format）。在“格式”（Format）后面直接输入你想要的公式编号的格式，比如“#”、字母、“*”号等等。而在下面的功能区也可以根据自己的需要进行勾选，如“应用到新公式中”，“应用到整个文档”，“自动更新公式编号”等。
在高级格式中输入公式编号
以上内容向大家介绍了修改MathType公式编号的方法，操作并不复杂。目前mathtype 7已经发布，大家可以去体验。
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