因为他们发现了LUCY是卧底啊。
一、最后神在提lucy的时候，说道“Thecrossdarkensthehorizon”，意思大致上是说圣殿骑士要来搅局，有可能暗示lucy是圣殿骑士的卧底。 这里有个细节就是在这几个现代刺客在日常邮件有次因为件日常小事闲聊的时候，shaun开玩笑，吐槽说lucy是圣殿骑士，而且邮件正文就这一句话，lucy没回这封邮件，而且大家仔细读邮件会发现，这个小队的日常作息时间全由lucy一个人安排啊，她可以玩猫腻的。
二、还有两个细节，就是解开16号全部的谜题后，16号在系统内重构的灵魂对desmond提示“不能信任她”，我觉得16号再牛逼也不至于怀疑两个女神吧？这个“她”估计就是指lucy，因为16号也认识她。可能16号的经历导致了他已经知道lucy的身份了。
三、另外一个细节，就是进地窖后，不知大家注意到没有，三个角色中，lucy的行迹相对，就她在进大殿的时候时不时玩消失，出去的最多。
综上所述，lucy就是那个卧底，所以最后主人公在金苹果的操控下杀掉了LUCY。
这个问题现在暂时无法考究，从Desmond第一次进入Animus之后再退出来，再庄园中可以看到一排红色的脚印，在网上有一种说法，Lucy是圣殿骑士派到刺客组织的卧底，那串脚印是Lucy留下的，他向圣殿骑士不断的提供刺客组织的情报所以最后被刺死。不过对这种说法我不赞同，因为从刺客信条2到续集兄弟会没有任何证据能表明Lucy是一个叛徒。而庄园里那一串凌乱的脚印看上去是很多人一起走过，或者一个人反复走了很多次。至于Lucy为什么会被Desmond刺了一剑，现在是没法知道的，甚至Lucy是死是活也不清楚。游戏最后只是放出了Desmond和Lucy一起晕倒，在最后的字幕里还能听到有人在说他休克了。听起来似乎是Shaun的声音。在Desmond刺Lucy之前，那个神留下的信息也很让人费解。“开启第六个，找到她”第六个是什么东西，她又是谁，这些以现在的游戏进度来说是弄不清楚的。只有等到刺客信条下一做“启示录”正式推出后才能搞清楚了。
刺客信条1（刺客信条启示录）的主角：阿泰尔·伊本·拉阿哈德
主角结局：刺杀了中东地区的10位圣殿骑士领袖后（刺客信条1的结局），在自己城堡里的地下室中抱着金苹果碎片老死（启示录里面的结局）。
刺客信条2，刺客信条兄弟会，刺客信条启示录：艾吉奥·奥迪托雷
主角结局：发现了人类文明的始祖朱诺（刺客信条2结局），刺杀了希泽尔，并将金苹果藏在罗马竞技场中（西班牙教皇的儿子，兄弟会的结局），告知在现代的戴斯蒙德地球的危机后辞职（启示录结局）。
刺客信条3：康纳·肯威
主角结局：第一位混血主角，他杀死自己的父亲海尔森和北美殖民者中最后一位圣殿骑士，斩断了自己命运的枷锁，最后与自己部落的人结婚生子度过了一生。
刺客信条4：爱德华·詹姆斯·肯威
主角结局：在他颠沛流离的航海生涯中，一次意外的海难让他看到了人生的转折，乔装成刺客的他不料卷入到了这场庞大的信仰战争中，接触到了多方势力的他最终选择了真正追求自由的刺客组织并为其鞠躬尽瘁，同时继续追求自己人生的金钱梦想。
刺客信条叛变：谢伊·帕特里克·寇马克（刺客出身，却又投靠圣殿骑士）
主角结局：杀死亚诺的父亲（是一个刺客）后继续为圣殿骑士效命。
刺客信条大革命：亚诺·多里安
主角结局：失去了青梅竹马的爱丽丝后忍痛继续为刺客组织效命。
刺客信条枭雄：弗莱姐弟
主角结局：姐弟二人一步步将权力至上的英国圣殿骑士瓦解消灭，二人和印度刺客被英国女皇授予最高荣誉表彰。
刺客信条起源：巴耶克
主角结局：巴耶克和媳妇艾雅杀死了所有的维序者，然后建立了无形者组织。
卡特琳娜被艾吉奥从圣天使堡救出之后被安置在艾吉奥在台伯岛的藏身处，但此时卡特琳娜已经不是弗利的女伯爵了，失去了势力和军队，这对好强的卡特琳娜来说无疑是一种屈辱。于是卡特琳娜为了重新掌握弗利城而离开罗马前往佛罗伦萨，数次申请恢复在弗利城的女伯爵身份，但都一一被拒。最后在1509年死于肺炎。
兄弟会PC版没出啊！所以我还没玩~~先不说~~
不过个人感觉3不会是终点，育碧不会傻到把一个这么优秀的游戏系列仅仅三步就封杀了吧。
2代结束后留下两条重要线索。我说下我的看法啊。
那所谓女神我感觉就是以前地球上的高智慧生命体，但不幸遭到一场大灾难，没落了。那时候她们已经按照她们的样子制造出了人类。人类越发的强大，正好又赶上她们的没落，于是人类推翻了她们，渐渐统治了地球。所谓的神族就搬到了别处。但所谓神族已经预知了那场灾难还会重演，于是留了个口信儿，告知人类，必须有个人来拯救世界（那女神不说再世界各地的圣庙里有拯救世界的方法么）但至于戴斯曼为啥是先知我就参不透了。第二个线索就是那个真相。明显亚当夏娃当时是带着金苹果越狱出来的。那个金苹果可能就是所谓神族的一件高科技产品，也许是神族的弱点也说不定反正一定是亚当夏娃把金苹果弄到了人类那，并且此苹果对神族至关重要（这也可能就是人类推翻所谓神族的倚仗？）不过看当时他俩奔跑的场景，这一定是个高科技化的地方，绝对不是什么仙境。而且可以看到许多人类被囚禁在那里。
2代里留下的谜题太多了，剪不断理还乱。（也许那个金苹果就是个潘多拉的盒子）
网上说LUCY也是刺客的后代，离谱的是ASSASSIN3可能要在二战时来发展剧情！？更离谱的还有太空刺客一说！！反正我还是比较爱冷兵器的感觉，要是拿枪不成了细胞分裂了
以上纯属我瞎说的，各位看看得了~~
露西不是戴斯蒙的女友，两人同为兄弟会刺客，戴斯蒙在碰到金苹果的一瞬间通过朱诺（那个史前神）看到了露西背叛他们并把金苹果带往艾伯斯泰格交给圣殿骑士的画面，也就是未来发生的事（这在刺3戴提到过），于是戴斯蒙在朱诺的强迫下刺死了露西，但却并不是完全不自愿的，这也就是为什么戴斯蒙到最后一直很后悔和自责，毕竟露西在圣殿骑士的手下救过他的命，而且我个人也很喜欢露西。
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