学校正在建设的工程不需要征收水土保持补偿费。
目前国家出台了两个文件规定了免征水土保持补偿费的情形，具体如下：
《水土保持补偿费征收使用管理办法》（财综〔2014〕8号）第十一条
下列情形免征水土保持补偿费：
（一）建设学校、幼儿园、医院、养老服务设施、孤儿院、福利院等公益性工程项目的；
（二）农民依法利用农村集体土地新建、翻建自用住房的；
（三）按照相关规划开展小型农田水利建设、田间土地整治建设和农村集中供水工程建设的；
（四）建设保障性安居工程、市政生态环境保护基础设施项目的；
（五）建设军事设施的；
（六）按照水土保持规划开展水土流失治理活动的；
（七）法律、行政法规和国务院规定免征水土保持补偿费的其他情形。
第一条依据《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国水土保持法实施条例》和《江苏省实施〈中华人民共和国水土保持法〉办法》(以下简称《实施办法》)的规定，制定本办法。第二条凡在本省行政区域内从事自然资源开发、生产建设及其他活动，损毁水土保持设施(含水土保持工程、林草、监测及科学试验设施等)，降低或丧失原有水土保持功能的，必须向水行政主管部门交纳水土保持设施补偿费(水土保持设施施工除外)，用于当地水土保持设施建设。没有造成水土保持设施损毁的，则不需缴费。第三条在生产和建设过程中造成水土流失的，生产建设单位应当在规定的期限内按批准的水土保持方案负责治理。因技术、人力等原因，无力自行治理的，生产建设单位必须向水行政主管部门交纳水土流失防治费，由水行政主管部门组织治理。第四条水土保持设施补偿费、水土流失防治费按照水土保持方案的审批权限由县级以上水行政主管部门负责征收。上级水行政主管部门可以委托下级水行政主管部门代收。
收费应当持有物价部门核发的《江苏省收费许可证》，使用省财政厅统一监制的行政事业性收费凭证。第五条水土保持设施补偿费的征收范围是以下造成损毁的水土保持设施：
(一)梯田；
(二)水土保持林：包括用材林、薪炭林、经济林；
(三)牧草：包括原生草和人工种植草；
(四)治沟和治坡的工程设施、监测设施和科研设施等；
(五)其他水土保持设施。
水土保持设施补偿费的具体征收标准详见附表。第六条生产和建设过程中造成水土流失，由生产建设单位自行治理的，应当根据水行政主管部门批准的水土保持方案的投资预算，在方案批准后15日内将水土流失防治费用存入同级财政的预算外资金专户，由财政部门和水行政主管部门监督使用。
生产建设单位无力自行治理的，按水行政主管部门批准的水土保持方案投资预算，在方案批准后15日内向水行政主管部门交纳水土流失防治费，由水行政主管部门组织治理。第七条《实施办法》施行后没有水土保持方案或水土保持方案未经水行政主管部门同意的生产建设项目，按《实施办法》的有关规定执行。对已倾倒的弃土、弃渣等物质，生产建设单位应当按规定负责治理；无力自行治理，按附表的标准向水行政主管部门交纳水土流失防治费，由水行政主管部门组织治理。
《实施办法》施行前已建或在建的生产建设项目造成水土流失的，按《实施办法》第十七条规定执行。在水土保持设施未建成使用前，生产建设过程中排放废弃固体物的，生产建设单位应按附表的标准向水行政主管部门交纳水土流失防治费，由水行政主管部门组织治理。
对不便以体积计算的，按水土保持方案的投资预算额向水行政主管部门交纳水土流失防治费，由水行政主管部门组织治理。第八条水土保持设施补偿费、水土流失防治费实行按比例上交、分级管理、使用的办法。县水行政主管部门征收的，80％留县级使用，上交省、市水行政主管部门各10％；市水行政主管部门征收的，90％留市使用，上交省水行政主管部门10％；省水行政主管部门征收的，全部留归本级管理、使用。第九条收取的水土保持设施补偿费、水土流失防治费主要用于以下方面：
(一)水土保持工程的建设、恢复和维修；水土保持草木的种植和补植；
(二)水土保持查勘、规划和设计；
(三)水土保持宣传、教育、培训和咨询；
(四)水土保持监督监测所需的仪器、装备等购置和维修；
(五)水土保持科学研究和科技成果的推广应用；
(六)水土保持监督、管理、保护等。
上款规定的水土保持设施补偿费、水土流失防治费的使用范围，80％用于第(一)、(二)项，20％用于第(三)至(六)项。第十条水土保持设施补偿费、水土流失防治费按预算外资金管理，实行财政专户管理，专款专用，可连年结转使用，禁止任何部门截留或挪用。第十一条县级以上水行政主管部门应当加强收费管理，按规定征收费用，不得在省规定之外擅自设立收费项目，提高收费标准，扩大收费范围，改变计征办法，应当自觉接受物价、财政部门的监督检查。第十二条各生产建设单位应当按规定及时交纳水土保持设施补偿费、水土流失防治费。对拒不交纳者，按《实施办法》第三十一条的规定收取滞纳金。
建设学校、幼儿园、养老服务设施等公益性工程项目的7种情形免征水土保持补偿费。
根据省发改委、省财政厅和省水利厅联合下发的《关于水土保持补偿费收费标准的通知》，免征水土保持补偿费的情形包括：建设学校、幼儿园、医院、养老服务设施、孤儿院、福利院等公益性工程项目的；农民依法利用农村集体土地新建、翻建自用住房的；按照相关规划开展小型农田水利建设、田间土地整治建设和农村集中供水工程建设的；建设保障性安居工程、市政生态环境保护基础设施项目的；建设军事设施的；按照水土保持规划开展水土流失治理活动的；法律、行政法规和国务院规定免征水土保持补偿费的其他情形。
期满之日起15日内。根据《国家税务总局关于水土保持补偿费等政府非税收入项目征管职责划转有关事项的公告》，按次缴纳的，应于项目开工前或建设活动开始前，缴纳水土保持补偿费。按期缴纳的，在期满之日起15日内申报缴纳水土保持补偿费。水土保持补偿费是对损坏水土保持设施、地貌植被，不能恢复原有水土保持功能的单位和个人征收并专项用于水土流失预防和治理的资金。
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